Беседа блаженного старца Досифея окончательно утвердила юношу в добрых намерениях. Отговевши, исповедовавшись и причастившись Святых Таин, поклонившись еще раз св. угодникам киево-печерским, он направил стопы свои на путь и, охраняемый покровом Божиим, благополучно прибыл опять в Курск, в дом своей матери. Здесь он прожил еще несколько месяцев, даже ходил в лавку, но торговлей уже не занимался, а читал душеспасительные книги в назидание себе и другим, которые приходили поговорить с ним, расспросить о святых местах и послушать чтения. Это время было его прощанием с родиной и родными.

Как уже сказано, Прохор вступил в Саровскую обитель 20-го ноября 1778 года, накануне праздника Введения во храм Пресвятой Богородицы. Стоя в церкви на всенощном бдении, видя благочинное совершение службы, замечая, как все, от настоятеля до последнего послушника, усердно молятся, он восхитился духом и порадовался, что Господь указал ему здесь место для спасения души. О. Пахомий с малолетства знал родителей Прохора и потому с любовью принял юношу, в котором видел истинное стремление к иночеству. Он определил его в число послушников к казначею иеромонаху Иосифу, мудрому и любвеобильному старцу. Сперва Прохор находился в келейном послушании старца и с точностью исполнял все монашеские правила и уставы по его указанию; в келии он служил не только безропотно, но и всегда с усердием. Такое поведение обратило на него внимание всех и приобрело ему расположение старцев Иосифа и Пахомия. Тогда ему стали назначать, кроме келейного, еще послушания по порядку: в хлебне, в просфорне, в столярне. В последней он был будильщиком и исполнял довольно долго это послушание. Затем он исполнял пономарские обязанности. Вообще, юный Прохор, бодрый силами, проходил все монастырские послушания с великою ревностью, но, конечно, не избег многих искушений, как печали, скуки, уныния, которые действовали на него сильно.

Жизнь юного Прохора до пострижения в монашество ежедневно распределялась так: в определенные часы он был в церкви на богослужении и правилах. Подражая старцу Пахомию, он являлся как можно раньше на церковные молитвы, выстаивал неподвижно все богослужение, как бы продолжительно оно ни было, и никогда не выходил прежде совершенного окончания службы. В часы молитвы всегда стоял на одном определенном месте. Для предохранения от развлечения и мечтательности, имея глаза опущенными долу, он с напряженною внимательностью и благоговением слушал пение и чтение, сопровождая их молитвою. Прохор любил уединяться в своей келии, где у него, кроме молитвы, были занятия двух родов: чтение и телесный труд. Псалмы он читал и сидя, говоря, что утружденному это позволительно, а св. Евангелие и послания апостолов всегда стоя пред св. иконами, в молитвенном положении, и это называл бдением (бодрствованием). Постоянно он читал творения св. отцов, напр. Шестоднев св. Василия Великого, беседы св. Макария Великого, Лествицу преп. Иоанна, Добротолюбие и проч. В часы отдохновения он предавался телесному труду, вырезывал кресты из кипарисного дерева для благословения богомольцам. Когда Прохор проходил столярное послушание, то отличался большим усердием, искусством и успехами, так что в расписании он один из всех назван Прохором-столяром. Он также ходил на общие для всей братии труды: сплавлять лес, приготовлять дрова и т. п.

Видя примеры пустынножительства о. игумена Назария, иеромонаха Дорофея, схимонаха Марка, юный Прохор стремился духом к большему уединению и подвижничеству, а потому испросил благословение своего старца о. Иосифа оставлять монастырь в свободные часы и уходить в лес. Там он нашел уединенное место, устроил сокровенную кущу и в ней совершенно один предавался богоразмышлению и молитве. Созерцание дивной природы возвышало его к Богу, и, по словам человека, бывшего впоследствии близким к старцу Серафиму, он здесь совершал правило, еже даде Ангел Господень Великому Пахомию, учредителю иноческого общежития. Это правило совершается в следующем порядке: Трисвятое и по Отче наш; «Господи, помилуй» – 12. Слава и ныне: приидите, поклонимся – трижды. Псалом 50: «Помилуй мя, Боже…», «Верую во единого Бога…». Сто молитв: «Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешного» и по сем: «Достойно есть…» и отпуст.

Это составляло одно моление, но таких молитв надлежало совершить по числу суточных часов, двенадцать днем и двенадцать ночью. С молитвою он соединял воздержание и пост: в среду и пятницу не вкушал никакой пищи, а в другие дни недели принимал ее только один раз.

В 1780 году Прохор тяжко заболел, и все тело его распухло. Ни один врач не мог определить вида его болезни, но предполагали, что это сделалась водяная болезнь. Недуг длился в продолжение трех лет, из которых не менее половины Прохор провел в постели. Строитель о. Пахомий и старец о. Исаия попеременно ходили за ним и почти неотлучно находились при нем. Тут-то и открылось, как все, и прежде других начальники, уважали, любили и жалели Прохора, бывшего тогда еще простым послушником. Наконец стали опасаться за жизнь больного, и о. Пахомий настоятельно предлагал пригласить врача или, по крайней мере, открыть кровь. Тогда смиренный Прохор позволил себе сказать игумену: «Я предал себя, отче святый, Истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу и Пречистой Его Матери; если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством – причастием Св. Таин». Старец Иосиф, по просьбе Прохора и собственному усердию, особо отслужил о здравии больного всенощное бдение и литургию. Прохор был исповедан и причащен. В скором времени он выздоровел, что весьма удивило всех. Никто не понимал, как мог он столь скоро оправиться, и только впоследствии о. Серафим открыл тайну некоторым: после причащения Св. Таин ему явилась Пресвятая Дева Мария, в несказанном свете, с апостолами Иоанном Богословом и Петром и, обратясь к Иоанну лицем и указывая перстом на Прохора, Владычица сказала: «Этот Нашего рода!»

«Правую-то ручку, радость моя, – говорил о. Серафим церковнице Ксении, – положила мне на голову, а в левой-то ручке держала жезл; и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то, и сделалось углубление, матушка; вода-то вся в него и вытекла, и спасла Царица Небесная убогого Серафима; а рана пребольшая была, и до сих пор яма-то цела, матушка, погляди-ка, дай ручку!» – «И батюшка, бывало, сам возьмет, да и вложит мою руку в яму, – прибавляла матушка Ксения, – и велика же она была у него, так вот весь кулак и взойдет!» Много душевной пользы принесла Прохору эта болезнь: дух его окреп в вере, любви и надежде на Бога.

В период послушничества Прохора, при настоятеле о. Пахомии, предприняты были в Саровской пустыне многие нужные постройки. В числе их на месте келии, в которой болел Прохор, строилась больница для лечения недужных и успокоения престарелых, и при больнице церковь о двух этажах с престолами: в нижнем во имя свв. Зосимы и Савватия, чудотворцев Соловецких, в верхнем – во славу Преображения Спасителя. Прохор после болезни, молодой еще послушник, был посылаем за сбором денег в разные места на сооружение церкви. Благодарный за свое исцеление и попечение начальства, он с охотою понес трудный подвиг сборщика. Странствуя по ближайшим к Сарову городам, Прохор был и в Курске, на месте своей родины, но не застал уже матери своей в живых. Брат Алексей, со своей стороны, оказал Прохору немалую помощь для построения церкви. Вернувшись домой, Прохор, как искусный столяр, построил собственными руками престол из кипарисного дерева для нижней больничной церкви в честь преподобных Зосимы и Савватия.

В течение восьми лет юный Прохор был послушником. Наружный вид его к этому времени изменился: будучи высокого роста, около 2 арш. и 8-ми вершков, несмотря на строгое воздержание и подвиги, он имел полное, покрытое приятною белизною, лицо, прямой и острый нос, светло-голубые глаза, весьма выразительные и проницательные; густые брови и светло-русые волосы на голове. Лицо его окаймлялось густою, окладистою бородою, с которою на оконечностях рта соединялись длинные и густые усы. Он имел мужественное сложение, обладал большими физическими силами, увлекательным даром слова и счастливой памятью. Теперь он прошел уже все степени монастырского искуса и был способен и готов принять монашеские обеты.

13-го августа 1786 года, с соизволения Св. Синода, о. Пахомий постриг послушника Прохора в сан инока. Восприемными отцами его при пострижении были о. Иосиф и о. Исаия. При посвящении ему было дано имя Серафим (пламенный). 27-го октября 1786 года монах Серафим, по ходатайству о. Пахомия, был посвящен преосвященным Виктором, епископом Владимирским и Муромским, в сан иеродиакона. Он вполне предался новому своему, поистине уже ангельскому, служению. Со дня возведения в сан иеродиакона он, храня чистоту души и тела, в течение пяти лет и девяти месяцев, почти беспрерывно находился в служении. Все ночи на воскресные и праздничные дни проводил в бодрствовании и молитве, неподвижно стоя до самой литургии. По окончании же каждой Божественной службы, оставаясь еще надолго в храме, он, по обязанности священнодиакона, приводил в порядок утварь и заботился о чистоте Алтаря Господня. Господь, видя ревность и усердие к подвигам, даровал о. Серафиму силу и крепость, так что он не чувствовал утомления, не нуждался в отдыхе, часто забывал о пище и питье и, ложась спать, жалел, что человек не может служить Богу беспрерывно, подобно Ангелам.